логично

Насколько я понял - делается сначала вход в систему (в нетваревском клиенте) от имени одного пользователя, а потом уже от имени другого пользователя ты пытаешься запустить процесс из файла, расположенного на сервере? Но при этом доступ к самому файлу пользователь иметь не должен?
ИМХО наиболее логичный выход из твоей ситуации - ЗЕН. Клиентская часть работает с админскими правами - через политики можно сделать много того, что недоступно пользователю.