У меня была похожая проблема с Гарант F1 - стартовал по несколько минут на гигабитной сетке, после загрузки работал нормально, но старт - убиться. Спецы Гаранта пожимали плечами, в итоге Гарант (в том числе и поэтому) был послан лесом и пользуем Консультант.
Но проблема тем не менее осталась не решенной.
Интересно другое - почему этих проблем нет на MS серверах?
Как я понимаю автор топика переходит на MS с этой базой и там все работает приемлемо?
Опять же, как я понял, клонфигурация 1С в данном случае стандартная, не самописная...