Ну раз ценны именно файлы, тогда вытаскивайте их. Но сначала я бы рекомендовал сделать копию сервера "как есть". Мало ли потом что понадобится. Копировать например винт в винт norton ghost.
А так если вкратце: снести дерево (например через nwconfig) и проинсталлировать его заново (там же). Потом заново создать пользователей, права. Потом подумать хорошенько о резервном копировании, дабы избежать подобного геммороя в дальнейшем.
Хотя если сервер живет на такой железке такое запросто может повториться. А значит не просто хорошенько подумать, а делать резервную копию регулярно. А если времени не хватает, то подумать: что проще один раз настроить бекап или потом сидеть и вот как сейчас геммороится
Добавлю: что касается приостановить загрузку:
server -ns - запускать без startup.ncf
server -na - запускать без autoexec.ncf
вам наверное нужно второе.
Запускаете, смотрите что и как. Если нет ошибок, то loadstage X (где Х - цыфра от 0 до ?) и опять смотрите наличие ошибок, потом следующую цифру.
Как найдете пишите сюда, может поможем с анализом.