http_access deny CONNECT num_IP !allow_skype
где
acl num_IP url_regex ^[0-9]+\.[0-9]+\.[0-9]+\.[0-9]+
описывает адрес в IP формате
и
acl allow_skype src "/usr/local/squid/etc/access/allow_skype"
список IP адресов машин пользователей которым skype разрешен
к сожалению, при этом перестает работать QIP - ICQ работает а QIP нет