Я такое делал (ставил NW6 в дерево с NW5) но перед этим я на всех серверах в дереве обновил NDS. Это можно сделать с пом софтины NWDEPLOY.exe, если не ошибаюсь, которая вместе с дистрибутивом NW6 идет.
Я ставил в дерево с сервером NW50SP6 и все нормально работало