Как оказалось, не различаются русские буквы В и Р. NW6sp3+Nss патч. Fixnames никаких проблем не находит.
И, кстати, куда в Nss3 подевалось меню Util->Verify?
Как минимум, можно поменять lconfig.sys, чтобы была кодовая страница 866 (вместо 437, текущую можно посмотреть командой "language"). Тут могут быть ньюансы, по крайней мере, на 866 кодовой странице даже до nss3c не наблюдалось проблем с заменой "э" на "\". Да и с 866 DOS-имена будут нормальными.