Это уже не NLM, а JAVA приложение.
Там есть возможность, как и ранее, указать, что перед shutdown, запустить УКАЗАНЫЙ СКРИПТ и ждать завершения его выполнения N секунд..
Вопрос - в Этом скрипте Вы Выгружаете JAVA ??
У меня на NW6+SP3 частенько бывает, что при выгрузке JAVA процесс затягивается на десятки минут....
?