это нормальная ситуация.
(кстати на 6-ке окно timesync debug'a открыто даже при timesync debug =0)
"скажите" на 5.0 set timesync debug=7 и понаблюдайте. Скорее всего - один из внешних источников бывает недоступен. Или канал "плохой". Timesync с каким то интервалом опрашивает то один источник, то другой. Если не доступен - делает несколько попыток, после нескольких - пишет failed и переходит к следующему источнику. Вот в такие моменты, когда за определенный интервал времени не получилось получить обновление от внешнего источника, на других серверах и появляется ваше "красное сообщение"
Время внутри сети (между серверами) все равно синхронизировано (дайте команду time на консоли любого)