Да, может. Нет, не вызовет.
Ты только определись, идёт ли речь о компьютерах или о пользователях (хотя при любом варианте - ответ: "может").
Поскольку меня слегка смущает фраза: "я добавлю компьютер в домен, а пользователи будут входить в сеть новелл". В любом случае - входят пользователи "в новелл" (т.е. в eDirectory) или нет, но на современных версиях Windows обязательно нужно входить ещё и "в майкрософт" (т.е. либо иметь локального пользователя Windows, либо логиниться в домен Active Directory). Если я правильно понял, то Active Directory у вас пока нет - значит, все виндовые пользователи заведены как локальные на конкретных машинах. Если их переносить в AD, то наверняка встанет задача синхронизации пользователей (и, желательно, паролей) между eDirectory и Active Directory, о чём тут пытаются намекнуть. Хотя, конечно, можно обойтись и без этого.
Что касается GPO, так они бывают пользовательские и компьютерные. Соответственно, для отработки пользовательских GPO нужно, чтобы пользователи логинились в AD (будут ли они при этом одновременно логиниться ещё и в eDirectory - не имеет значения). Хотя возможна альтернатива, о которой тут тоже упоминали: продукты семейства Zenworks, позволяющие применять GPO без наличия самого AD.
