Переустановка сервера ( как и восстановление данных с порушенного диска / тома ) не должна являться одним из штатных средств решения проблем с сервером. Даже ту же Винду я уж и не помню, когда в последний раз устанавливал ( тем более переустанавливал ) - сколько-то лет назад. Есть образы с софтом, они обновляются, со временем на них добавляется / убирается софт, потом эти образы заливаются на нужные компы. Например, ту же прединсталлированную Винду со всем набором софта мы сейчас собираемся залить ( Зеном ) на новые Маки и, возможно, управлять ею с помощью того же Зена ( Зен при этом может стоять и на 2003, без проблем ).
На рабочих серверах тоже почему-то ничего переустанавливать на приходилось, на учебных - да, но и то с целью попробовать разные варианты, а не чтоб пофиксить какие-то проблемы. К слову, и даже рабочий сервер 2003 изначально не ставился с нуля

а с образа, полученного из вышестоящей конторы. И в процедурах по его обслуживанию нету пункта переустановки Винды.
Я не понял смысл этой ветки - теорию про еДиректори на Виндоуз ? Ну вам уже объяснили, для чего она там нужна ( тем, кому она там нужна ). Невозможность управления ACL в NTFS через пользователей в еДире здесь обсуждалась уже сто раз.